Πατέρας της Μηλινόης ή Μελινόης ήταν ο Δίας, ο οποίος πήρε τη μορφή του Πλούτωνα για να ενωθεί με την Περσεφόνη σε ανυποψίαστο χρόνο και ο καρπός της ένωσης στην μυθολογία ήταν τόσο σημαντικός που δημιουργήθηκε ορφικός ύμνος προς αυτήν. Γεννήθηκε στις όχθες τουΚωκυτού (που σημαίνει θρήνος), ενός από τους τέσσερις ποταμούς του Κάτω Κόσμου και ήταν αδελφή του Ζαγρέα Διόνυσου…
Για την πρόελευση του ονόματος της Μηλινόης δεν υπάρχει κάποια καταγεγραμμένη πηγή, αλλά κατά πάσα πιθανότητα προέρχεται από το επίθετο «μήλινος», παραπέμποντας στο χρώμα τουκίτρινου μήλου (ή κυδωνιού), χρώμα του θανάτου ή της ασθένειας, κάτι που συμπίπτει και από τον τόπο γέννησής της και έχει συσχέτιση με την μητέρα της.
Επίσης στον Ορφικό ύμνο αναφέρεται ως “κροκόπεπλος” που σημαίνει με κίτρινο πέπλο, επίθετο όμως που έδιναν οι αρχαίοι ποιητές στις θεές της σελήνης. Στους ύμνους δύο θεές έφεραν αυτό το επίθετο: η Μηλινόη και η Εκάτη, δείχνοντας έτσι και την άρρηκτη σύνδεσή τους.
Σύμφωνα με τον μύθο, όταν ο Πλούτωνας έκλεψε με το άρμα του την Περσεφόνη, η θεά Εκάτη άκουσε τις φωνές της και ήταν εκείνη που συνόδεψε τη Δήμητρα στα ανάκτορα του Ήλιου για να μάθει τι συνέβη.
Μετά την εξέλιξη αυτή για την αποκάλυψη της αλήθειας για το θέμα της Περσεφόνης, η τρίμορφη θεά (Εκάτη) γίνεται άμεση σύντροφος και προστάτιδα της Κόρης, καθώς και σημαντική χθόνια θεότητα, η οποία συνδέεται και με τη σελήνη και την προστάτιδά της, Αρτέμιδα (και αυτή η σύνδεση σχετικά με την σελήνη, προαναφέρθηκε πιο πάνω και προκύπτει από τον ίδιο τον Ορφικό ύμνο με βάση τον χαρακτηρισμό “κροκόπεπλος”).
Έτσι, με αυτόν τον συσχετισμό, η Μηλινόη θεωρείται και θεά του φεγγαριού.
Πιστευόταν ότι ήταν μισή λευκή και μισή μαύρη (και εδώ μπορεί να συνδεθεί μία επιπλέον ετυμολογική ερμηνεία του ονόματός της, κατά την οποία το όνομα προέρχεται από το “μέλας” που σημαίνει μαύρος) αντιπροσωπεύοντας τη δυαδικότητα του Επουρανίου Δία και τουΚαταχθόνιου Άδη-Πλούτωνα, καθώς και της καταχθόνιας και σεληνιακής της ιδιότητας.