Ο Αλέξανδρος εκτός από την εξερεύνηση των εδαφών βορείως της Υρκανίας(αρχαία χώρα της ΝΔ. Ασίας στη θέση της σημερινής επαρχίας Μαζαντεράν του Ιράν) αποφάσισε και την εξερεύνηση της νότιας θάλασσας γύρω από την Αραβία. Για το σκοπό αυτό έστειλε τρεις αποστολές υπό τον Αρχία, τον Ανδροσθένη και τον Ιέρωνα, αντίστοιχα. Ο Αρχίας με μία τριακόντορο διατάχθηκε να ερευνήσει τη δυνατότητα θαλασσινού ταξιδιού προς την Αραβία, αλλά λόγω της αδυναμίας ανεφοδιασμού στα έρημα παράλια της Αραβίας, δεν τόλμησε να προχωρήσει πιο πέρα από ένα νησί μεγάλο, πεδινό, σχετικά εύφορο, που βρισκόταν σε απόσταση ενός εικοσιτετραώρου με ούριο άνεμο, και λεγότανΤύλος (είναι το σημερινό νησί Μωχαρέα, το μεγαλύτερο του Μπαχρέιν).
Ο Ανδροσθένης με άλλη μία τριακόντορο περιέπλευσε την αραβική χερσόνησο ως το ακρωτήριο Μάκετα (στη χερσόνησο Μουσαντάμ του Ομάν). Ο Ιέρων από τους Σόλους με μία τρίτη τριακόντορο πήρε διαταγή να περιπλεύσει τη χερσόνησο και να καταλήξει στην Αίγυπτο, στην αιγυπτιακή πλευρά τηςΗρωούπολης (Πιθώμ), αλλά ούτε κι αυτός κατάφερε να φτάσει ως το τέρμα του προορισμού του.
Ωστόσο περιέπλευσε το μεγαλύτερο μέρος της αραβικής χερσονήσου και όταν επέστρεψε, ενημέρωσε τον Αλέξανδρο ότι η Αραβία ήταν μεγάλη, όση περίπου και η Ινδία, ότι η χερσόνησός της προχωρούσε βαθιά μέσα στη θάλασσα, ότι είχε πολλά νησιά και αγκυροβόλια γύρω από τις ακτές της και ότι υπήρχαν κασσία, σμύρνα, λιβανωτός, κιννάμωμον και αυτοφυείς νάρδοι. Φαίνεται όμως ότι ούτε ο Ιέρων βγήκε έξω από τα στενά του Ορμούζ. Οι άνυδρες ακτές της Αραβίας επέτρεπαν τον παράπλου τους μόνο ως εκεί, που έφταναν οι προμήθειες των πλοίων κυρίως σε νερό. Απέναντι από τις εκβολές του Ευφράτη και σε απόσταση 120 σταδίων (περίπου 22 χμ) υπήρχε ένα νησάκι με δάση (το σημερινό νησί Φαϊλάκα του Κουβέιτ), το οποίο ο Αλέξανδρος διέταξε να ονομασθεί «Ίκαρος» σε αντιστοιχία προς το ομώνυμο νησί του Αιγαίου.
Τις ακτές της Αραβίας είχε δει και ο στόλος του Νέαρχου, μάλιστα όταν παρέπλεαν τις ακτές της Αρμόζειας (στα στενά του Ορμούζ), ήταν τόσο κοντά τους, ώστε αρκετοί κυβερνήτες, μεταξύ των οποίων και ο Ονησίκρητος, πρότειναν να την προσεγγίσουν. Όμως ο Νέαρχος επέμεινε να ολοκληρώσει την αποστολή, που του είχε αναθέσει ο Αλέξανδρος, δηλαδή να εξερευνήσει τα νότια παράλια της Ασίας προς την Αραβική Θάλασσα και τον Περσικό Κόλπο, και να μην αναλάβει με δική του πρωτοβουλία επιπλέον εγχειρήματα εν αγνοία του Αλεξάνδρου. Μετά τις αποστολές των παραπάνω εξερευνητών, αποδείχθηκε ότι ο Νέαρχος είχε πάρει μία πολύ συνετή απόφαση. Αφού ούτε εκείνοι, που είχαν σταλεί επί τούτου δεν μπόρεσαν να ανεφοδιαστούν στα έρημα παράλια της Αραβίας και υποχρεώθηκαν να επιστρέψουν πριν ολοκληρώσουν τις αποστολές τους, ο Νέαρχος, που ήδη είχε υποστεί σημαντικές ταλαιπωρίες στην κύρια αποστολή του, αν συναινούσε να περιπλεύσει την Αραβία, το λιγότερο που μπορούμε να πούμε, είναι ότι δεν θα βραβευόταν από τον Αλέξανδρο για τις ναυτικές του υπηρεσίες.
Ο Αλέξανδρος σκόπευε να εποικίσει τα νησιά και τα παράλια του Περσικού Κόλπου, διότι πίστευε ότι ευρισκόμενα πάνω στη θαλάσσια εμπορική οδό μεταξύ Ινδίας και Βαβυλώνας, είχαν όλες τις προοπτικές να γίνουν εξίσου πλούσια με τη Φοινίκη. Σύμφωνα με τις πληροφορίες των εξερευνητών, η Αραβία ήταν πολύ πλούσια χώρα, γι’ αυτό ήθελε να την εντάξει στον κόσμο του, είτε το ήθελαν οι Άραβες είτε όχι. Δηλαδή ο Αλέξανδρος ήθελε να κατακτήσει την Αραβία για τους ίδιους λόγους, που τον Μεσαίωνα κατέκτησαν την Ινδία οι Ευρωπαίοι, και για ανάλογους με εκείνους, που σήμερα χειραγωγούν τα αραβικά κράτη οι πετρελαϊκές εταιρίες. Οι Άραβες της δύσης δεν είχαν προβάλει καμία αντίρρηση να γίνουν φόρου υποτελείς του, όταν κατέλαβε την Αίγυπτο. Όμως οι Άραβες των ανατολικών παραλίων είχαν αγνοήσει επιδεικτικά τον Βασιλιά της Ασίας και δεν του είχαν στείλει πρέσβεις, για να ζητήσουν την επιείκειά του ή να τον τιμήσουν για τις επιτυχίες του. Ο Αλέξανδρος δεν χρειαζόταν σημαντικότερη αφορμή για να τους επιτεθεί, και άρχισε την προπαρασκευή για απόβαση στις αραβικές ακτές του Περσικού Κόλπου.
Έξω από τη Βαβυλώνα ο Αλέξανδρος διέταξε να γίνουν οι κατάλληλες χωματουργικές εργασίες για την κατασκευή ναυστάθμου και των αναλόγων νεώσοικων για 1.000 πολεμικά πλοία, ενώ έστειλε τον Μίκκαλο τον Κλαζομένιο στη Φοινίκη και τη Συρία με 500 τάλαντα, για να προσλάβει ελεύθερους πολίτες και να αγοράσει δούλους εκπαιδευμένους στα θαλασσινά επαγγέλματα. Ο Μίκκαλος έκανε καλή δουλειά και τόσο από τη Φοινίκη όσο και από όλα τα παράλια της Μεσογείου, άρχισαν να συρρέουν ναυτικοί για πληρώματα και βοηθητικές υπηρεσίες, δύτες πορφύρας και άλλοι θαλασσινοί. Πάνω από 45 φοινικικά πλοία (2 πεντήρεις, 3 τετρήρεις, 12 τριήρεις και περί τις 30 τριακόντοροι) ταξίδεψαν αποσυναρμολογημένα από τις ακτές της Μεσογείου, συναρμολογήθηκαν ξανά στη Θάψακο και κατέπλευσαν τον Ευφράτη ως τη Βαβυλώνα. Από τα χρήσιμα στη ναυπηγική δέντρα, μόνο τα κυπαρίσσια αφθονούσαν στην Ασσυρία και θυσιάσθηκαν για την κατασκευή του στόλου. Παράλληλα διατάχθηκε η συγκέντρωση στρατευμάτων από τις πιο ήρεμες σατραπείες.
Στο διάστημα, που κατασκευαζόταν ο ναύσταθμος κι ο στόλος κι ενώ οι εξερευνητές ερευνούσαν τα παράλια της Αραβίας, ο Αλέξανδρος κατέπλευσε τον Ευφράτη κι έκανε αυτοψία στον παραπόταμο Πολλακόπα. Αυτός βρισκόταν περί τα 800 στάδια (148 χμ) νοτίως της Βαβυλώνας και δεν ήταν πραγματικός ποταμός, αλλά αποστραγγιστική διώρυγα. Το έργο αυτό ήταν απαραίτητο, διότι την άνοιξη, που έλιωναν τα χιόνια και ανέβαινε η στάθμη του Ευφράτη, παροχέτευε τα νερά του στις λίμνες και στα έλη κοντά στα παράλια και δεν άφηνε να πλημμυρίσουν οι αγροί και να καταστραφούν οι καλλιέργειες γύρω από την κοίτη του ποταμού. Όμως το φθινόπωρο, που ελλείψει βροχοπτώσεων τα νερά του ποταμού λιγόστευαν, αν συνέχιζαν να παροχετεύονται στον Πολλακόπα, δεν θα απέμεναν αρκετά στον Ευφράτη και θα δημιουργούνταν προβλήματα στην άρδευση. Εκείνη την εποχή του χρόνου ήταν αναγκαίο το φράξιμο του Πολλακόπα και κάποιος σατράπης της Βαβυλωνίας είχε καταφέρει να κατασκευάσει ένα φράγμα.
Το έργο ήταν πολύ δύσκολο, επειδή το έδαφος ήταν λασπώδες, δεν συγκρατούσε τα νερά και απασχόλησε 10.000 Ασσυρίους, που κατέβαλαν επίπονες προσπάθειες, για να το ολοκληρώσουν μέσα σε 2 μήνες. Ο Αλέξανδρος ήθελε να κάνει ένα σημαντικό έργο για την Ασσυρία και τη Βαβυλώνα, ίσως επειδή την είχε επιλέξει για πρωτεύουσα του κράτους του. Αποφάσισε λοιπόν να κατασκευάσει νέο και λειτουργικότερο φράγμα στην αποστραγγιστική διώρυγα του Πολλακόπα. Σε απόσταση 30 σταδίων (περίπου 5,5 χμ) από την αρχή της, το έδαφος ήταν στεγνό, σκληρό και προσφερόταν για την κατασκευή αποτελεσματικού φράγματος, καθώς δεν θα επέτρεπε τη διαρροή νερού την εποχή της λειψυδρίας, ενώ την εποχή των άφθονων νερών θα επέτρεπε την εύκολη εκτροπή της πλεονάζουσας ποσότητας. Επίσης στο τέλος του Πολλακόπα, κοντά τις λίμνες και τις ακτές του Περσικού Κόλπου, όπου η περιοχή ήταν κατάλληλη, ίδρυσε μία πόλη στην οποία εγκαταστάθηκαν Έλληνες απόμαχοι μισθοφόροι.
Τότε έφτασαν στη Βαβυλώνα οι διοικητές με τα στρατεύματα, που είχε καλέσει. Ήταν ο Πευκέστας με 20.000 περίπου Πέρσες στρατιώτες και αρκετούς από τους πιο πολεμικούς γείτονές τους, τους Κοσσαίους και τους Τάπουρους. Ο Φιλόξενος ήλθε από την Καρία με σημαντική στρατιά, ο Μένανδρος από τη Λυδία κι αυτός με αρκετό στρατό καθώς και ο Μενίδας με τους ιππείς του από τα Εκβάτανα. Ο Αλέξανδρος επαίνεσε τους Πέρσες για την προθυμία τους να πολεμήσουν υπό τις διαταγές του και για την υπακοή τους στον Πευκέστα, τον οποίο συνεχάρη για την αποτελεσματικότητά του ως σατράπη της Περσίδος. Οι Πέρσες στρατιώτες κατατάχθηκαν στη φάλαγγα, αλλά όχι ως ίσοι όπως οι εξέχοντες ομοεθνείς τους ή οι Επίγονοι, αλλά με τον τρόπο που εφάρμοσαν όλοι οι αποικιακοί στρατοί μέχρι τα αποικιακά στρατεύματα Άγγλων και Γάλλων στον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο. Συγκεκριμένα, το θεμελιώδες τμήμα όλων των ελληνικών στρατών, η δεκάς (αντίστοιχο της σημερινής ομάδας τυφεκιοφόρων) αυξήθηκε σε δεκαεξάδα, επικεφαλής της οποίας ήταν τρεις Μακεδόνες, ο δεκαδάρχης, ο διμοιρίτης και ο δεκαστάτηρος, ακολουθούσαν 12 Πέρσες στρατιώτες και το τμήμα ολοκλήρωνε ένας ακόμη Μακεδόνας δεκαστάτηρος. Οι Μακεδόνες βαθμοφόροι έφεραν τον τυπικό μακεδονικό οπλισμό, αλλά οι Πέρσες στρατιώτες διατήρησαν τα μεσάγκυλά τους, σε αντίθεση προς τους Επιγόνους.
Ήλθαν κι άλλοι πρέσβεις από ελληνικά κράτη και στεφάνωσαν τον Αλέξανδρο με χρυσά στεφάνια, στεφανωμένοι και οι ίδιοι σαν να ήταν θεωροί, που πήγαιναν να τιμήσουν κάποιο θεό. Στο μεταξύ είχε κατασκευαστεί ένα τμήμα του στόλου και εν όψει της εισβολής στην Αραβία ο Αλέξανδρος άρχισε την εκπαίδευση των πληρωμάτων οργανώνοντας πολλούς αγώνες ανάμεσα στις τριήρεις και όσες τετρήρεις υπήρχαν. Οι αγώνες διοργανώθηκαν στον Ευφράτη, αφορούσαν στην ικανότητα των πληρωμάτων, τη δεξιότητα των κυβερνητών και τα έπαθλά τους ήταν στεφάνια, κατά το ελληνικό έθιμο.
Εκείνες τις ημέρες, τον Μάιο του 323 π.Χ, επέστρεψε ο εταίρος Φίλιππος από την Αίγυπτο κομίζοντας το χρησμό του Άμμωνα, ο οποίος φυσικά διαφέρει από ιστορικό σε ιστορικό. Κατά τον Αρριανό και τον Πλούταρχο ο Άμμων απέρριψε το αίτημα του Αλεξάνδρου να θεοποιηθεί ο Ηφαιστίων και επέτρεψε μόνο την ηρωοποίησή του. Κατά τον Διόδωρο ο χρησμός του Άμμωνα επικύρωνε την επιθυμία του Αλεξάνδρου και ανακήρυσσε τον Ηφαιστίωνα σε θεό. Ο Αλέξανδρος ικανοποιήθηκε και διέταξε να προσφερθούν στο νεκρό θυσίες αρμόζουσες σε θεό πάρεδρο (σύνθρονο των 12) στη διάρκεια των οποίων θυσιάστηκαν 10.000 ζώα όλων των ειδών.
Κατά τον Ιουστίνο ο Αλέξανδρος διέταξε να λατρεύεται ο Ηφαιστίων ως θεός, ενώ το συγκεκριμένο σημείο του Κούρτιου δεν σώζεται. Ο Αλέξανδρος χάρηκε πολύ, κήρυξε το τέλος του πένθους και προσέφερε τις προσήκουσες θυσίες.
Έστειλε και μία επιστολή στην Αίγυπτο, στον κυβερνήτη Κλεομένη, τον οποίο βάρυναν πολλές κατηγορίες για σωρεία αδικημάτων. Ο Αλέξανδρος πολλές φορές είχε διαπιστώσει ότι οι διαταγές του εκτελούνταν είτε με πλημμέλεια είτε και καθόλου. Ο Ηφαιστίων πάλι, όπως είδαμε, είχε πολλές αντιπάθειες ανάμεσα στους Μακεδόνες αριστοκράτες. Όσοι απ’ αυτούς είχαν παραμείνει ως αξιωματούχοι στην Αίγυπτο, μακρυά από την ασιατική αντίληψη της νέας Αυλής, ίσως αναζητούσαν τρόπο να τιμωρήσουν τον Ηφαιστίωνα έστω και μετά θάνατον. Για το λόγο αυτό ο Αλέξανδρος ανέθεσε στη σκοτεινή φυσιογνωμία του Κλεομένη την υλοποίηση των σχετικών εντολών, δελεάζοντάς τον με γενική αμνηστία, για όλα όσα είχε διαπράξει και όσα τυχόν θα διέπραττε στο μέλλον.
Ο Αρριανός κατέγραψε μόνο την ωφέλεια, που θα είχε αν επετύγχανε, όχι όμως και τις συνέπειες, που θα υφίστατο ο Κλεομένης, αν αποτύγχανε στην αποστολή του. Βέβαια οι συνέπειες ήταν τόσο αναμενόμενες βάσει όσων είχαν προηγηθεί, ώστε είναι πιθανό ο Αλέξανδρος να μην τις ανέφερε καν ως ευκόλως εννοούμενες. Η αλήθεια είναι ότι ο Κλεομένης επιφορτιζόταν με πολύ δύσκολο έργο, προκειμένου να κερδίσει την αμνηστία για τα εγκλήματά του. Έπρεπε να κατασκευάσει στη μνήμη του Ηφαιστίωνα δύο μνημεία απαράμιλλα σε μέγεθος και πολυτέλεια, ένα στην Αλεξάνδρεια κι άλλο ένα στο νησάκι Φάρος, όπου αργότερα επρόκειτο να χτιστεί ένα από τα 7 θαύματα του αρχαίου κόσμου, ο φάρος της Αλεξανδρείας.
Μία πολύ σημαντική πληροφορία είναι ότι με την ίδια επιστολή ο Αλέξανδρος διέτασσε να χρησιμοποιείται το όνομα του Ηφαιστίωνα για τη χρονολόγηση. Στην αρχαιότητα χρησιμοποιούσαν κάποια πρόσωπα για τη χρονολόγηση των συνθηκών, των σύμφωνων, αλλά και των συμβολαίων και κάθε άλλης αστικής ή εμπορικής πράξης. Έτσι οι Αθηναίοι χρησιμοποιούσαν τους επώνυμους άρχοντες, οι Μακεδόνες τους βασιλιάδες τους και το Αχαιμενιδικό κράτος τους Πέρσες βασιλείς. Ήταν πολύ σημαντική η καταγραφόμενη πρόθεση του Αλεξάνδρου να χρησιμοποιηθεί ως βάση χρονολόγησης το όνομα του Ηφαιστίωνα, διότι τον εξομοίωνε με ανώτατο πολιτειακό άρχοντα εν ζωή.
Αρριανός Ζ.14, 19, 21, 23, Ινδική 43
Πλούταρχος Αλέξανδρος 72.3
Διόδωρος ΙΖ.115.6
Κούρτιος 10.1.19
Ιουστίνος 12.12.12
