Για τα Καβείρια μυστήρια σώζονται οι λιγότερες ίσως πληροφορίες σε σχέση με τα άλλα ελληνικά μυστήρια. Για τους Σαμοθράκη τιμώμενους θεούς πολλοί έχουν πει ότι είναι οι Κάβειροι οι ίδιοι, αλλά ούτε και αυτοί που είπαν αυτό μπορούν να μας πουν ποιοι ήταν οι Κάβειροι στην πραγματικότητα. Είναι πολύ απροσδιόριστα τόσο ο αριθμός όσο και τα ονόματα τους, έτσι που η σύγχυση γύρω από την προσωπικότητα τους αυξάνει συνεχώς. Στις αρχαίες πηγές υπάρχουν αρκετές εκδοχές σχετικά με την προέλευση τους και επικρατέστερη εκδοχή είναι ότι οι Κάβειροι είναι μια ομάδα χθονίων Θεοτήτων Θρακοπελασγικής προέλευσης, οι οποίοι είναι δαίμονες και παιδιά του Ηφαίστου, του θεού της φωτιάς και των τεχνών. άλλοι έλεγαν πως οι Κάβειροι είναι η Μεγάλη Μητέρα, η μητέρα γη (στην τοπική γλώσσα λεγόταν Αξίερος, ταυτίζονταν με την Δήμητρα και την αποκαλούσαν Ηλέκτρα, Λαμπρή, Στρατηγίδα και Ηγέτιδα), ο σύζυγός της ο Καδμίλος [θεός της γονιμότητας που πολλές φορές ταυτίζονταν με τον Ερμή γιατί τα σύμβολα του (το ιερό του ζώο, ο κριός, που συμβόλιζε τη γονιμοποιό δύναμη και τον αρχηγό ποιμένα, καθώς και το φιδοκέφαλο κηρύκειο του) βρέθηκαν χαραγμένα σε νομίσματα και σε επιγραφές του Ναού]. άλλοι λένε πως ήταν δύο αρένες δίδυμοι Θεοί και τους συνέδεαν με τους Διόσκουρους, άλλοι πάλι, πως οι Θεοί ήταν τρεις και τα τοπικά ονόματα τους Αξίερος, Αξιόκερσα και Αξιόκερσος υποδήλωναν ότι ήταν η Δήμητρα, η Κόρη και ο Ερμής. άλλοι προσθέτουν και τον Άδη, την Εκάτη, τη Ρέα, τους Κορυβάντες, τον Ουρανό και τη Γαία. Ακόμα και η Αφροδίτη που ίσως είναι αυτή που παριστάνεται σε περίεργα τρίμαστα γυμνά ειδώλια που βρέθηκαν στις ανασκαφές, φαίνεται να θεωρείται πως ανήκε στους Κάβειρους.
Αυτή η πολυπροσωπία που υπάρχει στην λατρεία των Καβειριων οδηγεί στη σκέψη πως στα μυστήρια της Σαμοθράκης φανερώνονταν η γενική και απρόσωπη θεωρία για την θεότητα που υπάρχει και στα Ορφικά μυστήρια (που ο Θεός προσφωνείτε «Μέγα πνεύμα», «Μέγας Ελευθερωτής», «Μεγάλη ψυχή του κόσμου», «Λόγος»). Ο Όμηρος αναφέρεται στην Σαμοθράκη με το επίθετο «Ζαθέη» δηλαδή Σεπτή και Αγιότατη και επίσης την ονομάζει Ιερά χώρα: Σαμοθράκη όπου τελετές προκαλούν ρίγος φόβου γίνονται για χάρη των θεών οι οποίες είναι απόρρητες στους κοινούς θνητούς. Στην λατρεία των Καβειρίων μυστηρίων πρωτεύοντα ρόλο έπαιζε το πυρ, η φωτιά, από όπου φαίνεται πήραν το όνομα τους και η εσωτερική διδασκαλία των Καβειρίων μυστηρίων ήταν η γέννηση και η αναγέννηση του ανθρώπου. Οι κάτοικοι της Λήμνου, της Ίμβρου και της Σαμοθράκης τους ταύτιζαν με τον Πρωτέα, ο οποίος προσωποποιούσε την θάλασσα και το «ηφαιστειώδες πυρ» του οποίου κύρια θεότητα είναι ο Ήφαιστος ενώ ο Παυσανίας γράφει ότι ο Προμηθέας και ο γιος του Αιτναίος λατρευόταν ως Κάβειροι στην Βοιωτία.
Η αρχή της τελέσεως των καβειρίων μυστηρίων χάνεται στα βάθη της ελληνικής προϊστορίας και εδώ πάλι οι απόψεις διίστανται. Ο Ηρόδοτος υποστηρίζει ότι η λατρεία των Κάβειρων ήταν αυτόχθων μυστηριακή λατρεία των Πελασγών. Πιο συγκεκριμένα αναφέρει ότι στη Σαμοθράκη οπού τελούσαν τα Καβειρια κατοικούσαν Πελασγοί και ότι οι Αθηναίοι πρώτοι από όλους τους Έλληνες ηρθαν σε επαφή με τους Πελασγούς της Σαμοθράκης, τα αγάλματα του Ερμή με τον φαλλό του στραμενο προς τα πανω και την λατρεία των Κάβειρων, όταν οι Πελασγοί μετοίκησαν στην Αττική και άρχισαν να θεωρούνται και αυτοί Έλληνες. Οι επιφανέστεροι των Ελλήνων λέγεται ότι είχαν μυηθεί στα Καβείρεια μυστήρια . Κάποιοι εξ αυτών ήταν ο Αγαμέμνων, ο Οδύσσειας αλλά και άλλοι Έλληνες που έλαβαν μέρος στον Τρωικό πόλεμο, επίσης σύμφωνα με την μυθολογία ο Ορφέας, ο Ηρακλής ο Ιάσων, οι Διόσκουροι Κάστορας και Πολυδεύκης και οι αρχηγοί της Αργοναυτικής εκστρατείας είχαν μυηθεί στα μυστήρια των Κάβειρων στην Σαμοθράκη. Ο Βασιλιάς Φίλιππος ήταν μυημένος στα μυστήρια της Σαμοθράκης, όπου και γνώρισε την Ολυμπιάδα την μητέρα του Μεγάλου Αλεξάνδρου, που ήταν και ιέρεια των Καβείρων. Φυσικά και ο Μέγας Αλέξανδρος μυήθηκε στα Καβείρια Μυστήρια, όπως και ο Ηρόδοτος αλλά και ο Πυθαγόρας.
Στα μυστήρια γίνονταν δεκτοί όλοι οι άνθρωποι ανεξαρτήτως φυλής, φύλου και κοινωνικής τάξεως, ακόμη και οι δούλοι, αρκεί να μην επιβαρύνονταν με ανόσιες πράξεις. Σκοπός των μυστηρίων ήταν να απομακρύνει το φόβο του θανάτου και να αποκαλύψει αιώνιες αλήθειες που σχετίζονται με την τύχη της ψυχής μετά το θάνατο. Η αποκάλυψη των τεκταινομένων κατά τη διάρκεια τέλεσης των μυστηρίων επέφερε την ποινή του θανάτου. Μπροστά στο άβατο του Ιερού υπήρχε επιγραφή, που αποκάλυψε η αρχαιολογική σκαπάνη και που απαγόρευε με λιτό αλλά απόλυτο τρόπο, την είσοδο. Επίσης, κάτι ακόμα που διαφοροποιεί τα μυστήρια σε σχέση με όλα τα αλλά ήταν ένας ρητός και απαράβατος όρος που υπήρχε και τον συναντάμε μονό εδώ. Βασική και απαραίτητη προϋπόθεση και προπαρασκευαστικό στάδιο της μυήσεως, ήταν η ψυχική κάθαρση του ανθρώπου που ζητούσε να μυηθεί, η εξομολόγηση. Γι’ αυτόν τον σκοπό υπήρχε ένας ειδικός ιερέας γνωστός ως Κοής ο οποίος άκουγε τον εξομολογούμενο και είχε το αξίωμα να εξαγνίζει ακόμα και τον φονιά που μετάνιωνε για την πράξη του. Έτσι, εκτός από τη λατρευτική και θρησκευτική έννοια, βλέπουμε πως τα μυστήρια της Σαμοθράκης, είχαν φιλοσοφική βάση και χαρακτήρα κοινωνικής αρετής.
Ύστερα από την εξομολόγηση και την έγκριση του Κοή και των Ανακτοτελεστών, ο κατηχημένος μπορούσε να προσέλθει στην τελετή της μυήσεως. Πιστεύεται πως η μύηση γινόταν τη νύχτα, με το φως των δαδιών και των λυχναριών των μυημένων που παραβρίσκονταν στην τελετή. Πολλά λυχνάρια που βρέθηκαν στις ανασκαφές είχαν χαραγμένο το γράμμα Θ δηλωτικό των Μεγάλων Θεών, αλλά και στους τοίχους του Ιερού υπάρχουν πολλές οι θέσεις για τοποθέτηση δαδιών. Ο μειούμενος καθόταν πάνω σε θρόνο γι’ αυτό και η τελετή λεγόταν «θρονισμός». Φαίνεται πως σ’ αυτό το στάδιο οι μυούντες χόρευαν γύρω από τον μειούμενο. Πολλές μαρτυρίες και κυρίως του Πλούταρχου υπάρχουν γι’ αυτή τη φάση της τελετής. «Καθάπερ ειώθασιν εν τω καλούμενο θρονισμώ καθίσαντες τους μειουμένους οι τελούντες κύκλω περιχορεύαν».
Ύστερα από τον θρονισμό, ο ιερέας οδηγούσε τον μύστη στο άβατο του Ιερού και εκεί το νέο μέλος, είχε δηλαδή την εποπτεία, κάποιας ιερής αναπαράστασης με πιθανό αντικείμενο την έκφραση κοσμογονικών ιδεών στις όποιες πρώτευε η μυστηριώδης τους γενεαλογία. Έτσι, έφθανε στον βαθμό της εποπτείας. Μπροστά στο άβατο του Ιερού υπήρχε επιγραφή, που αποκάλυψε η αρχαιολογική σκαπάνη και που απαγόρευε με λιτό αλλά απόλυτο τρόπο, την είσοδο. «Αμύητον μη εισιέναι». Αργότερα, με την προσέλευση και των Ρωμαίων στα μυστήρια, προστέθηκε απαγορευτική επιγραφή και στα Λατινικά.
Στον καινούργιο μύστη προσέφεραν στεφάνι από ελιά και πορφυρή ζώνη που τον προφύλαγε από τους κινδύνους. H μύηση μπορούσε να γίνει σ’ οποιαδήποτε εποχή και κυρίως από τον Απρίλη ως τον Σεπτέμβριο. Φαίνεται δηλαδή πώς δεν ήταν απαραίτητο να συμπέσει η μύηση με τις ετήσιες πανηγυρικές εκδηλώσεις. Αυτές, διαρκούσαν εννιά μέρες κατά τις όποιες κάθε πόλη από τα νησιά, τη Θράκη και τα Μικρασιατικά παράλια έστελνε τους πρεσβευτές της. Πρεσβευτή έστελνε ακόμα και η πόλη της Σαμοθράκης κι’ αυτό αποδεικνύει ότι το Ιερό δεν θεωρούνταν ότι ανήκε στο νησί αλλά πως ήταν όλου του κόσμου.
Πριν από τις τελετές έσβηναν γενικά κάθε φωτιά στο νησί και έφερναν νέα φλόγα από το ιερό των Καβείρων της Δήλου. Δεν μπόρεσε να καθορισθεί πότε γίνονταν οι γιορτές αυτές ενώ είναι πολύ πιθανόν να γίνονταν τον Ιούλιο.
Οι Κάβειροι εξακολούθησαν να λατρεύονται και τα μυστήρια τους να τελούνται μέχρι το τέλος του 4ου μ.Χ αιώνα. Διαπιστώθηκε από τις ανασκαφές ότι οι Ρωμαίοι περιτείχισαν τον ιερό χώρο και πως παρ’ όλο που μεγάλες καταστροφές σημειώθηκαν στα 200 μ.Χ. πιθανώς από σεισμό, αμέσως έγιναν αναστηλώσεις και αποκαταστάσεις των ζημιών σε μεγάλη έκταση. Ο ιερός χώρος εξακολούθησε να ακμάζει, η φήμη του παρέμεινε αμείωτη και η αρχαία θρησκεία είχε πάντα τους πιστούς της, ως το τέλος του 4ου μ.Χ. αιώνα οπότε εγκαταλείφθηκε αφού εγκαταστάθηκε η νέα θρησκεία. Στα μέσα του 6ου αιώνα μ.Χ. ένας καταστρεπτικός σεισμός ισοπέδωσε ότι είχε απομείνει!
Γράφει ο Αθανάσιος Πάλλης, αρθρογράφος στο περιοδικό της Θεοσοφικής Εταιρείας ‘Ιλισός’